Gorgona assieme alle isole di Capraia, Pianosa, Elba, Giglio, Giannutri e Montecristo, forma il parco Nazionale dell'Arcipelago Toscano. A causa della sua situazione di colonia penale la visita dell'isola è soggetta a restrizioni.
Probabilmente l'isola fu colonizzata dagli Etruschi, anche se nessuna traccia di questa probabile colonizzazione è rimasta, ci sono invece segni di un insediamento romano nella località "Piano dei Morti".
Nel passato diversi monasteri furono costruiti sull'isola. I pisani occuparono la Gorgona nel 1283 e costruirono la Torre Vecchia, tuttora esistente, situata sulla cima di una roccia a picco sul mare di Costa dei Cantoni. Nel 1406 Gorgona fu occupata dai fiorentini. Nel 1701 fu ceduta ai frati Certosini, ma nel 1777 il granduca di Toscana Pietro Leopoldo recuperò il possesso dell'isola.
Nel 1869 l'isola divenne colonia penale e così è anche oggi. Questo è il motivo per cui, per visitare Gorgona, è necessario ottenere un permesso dalla Direzione Generale degli Istituti di Prevenzione e Pena del Ministero di Grazia e Giustizia.
Escursioni all'isola sono organizzate dalla Cooperativa Parco Naturale "Isola di Gorgona". I luoghi visitati includono: la Torre Vecchia, la Torre Nuova, la Torre dell'Orologio, la chiesa di San Gorgonio, la Grotta del Bue Marino, le baie di Cala Scirocco e dello Scalo.
Per dare una prima e semplice occhiata a Gorgona, può essere interessante prendere il traghetto che una volta alla settimana partendo da Livorno ferma a Gorgona sulla via per Capraia.
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